Selain dianggap sebagai seorang wali Allah, semasa hidupnya Habib Jafar juga dekat dengan tokoh Islam tanah air, salah satunya dengan Habib Lutfi bin Yahya.
Perjumpaan kedua ulama ini terjadi saat Habib Lutfi menggelar acara Maulid Nabi di majelis Kanzus Sholawat Kota Pekalongan. Seperti biasanya, Habib Jafar datang hanya mengenakan kemeja putih dan celana warna hitam dengan kopiyah hitam di kepala.
Meski tampak seperti orang pada umumnya, tapi Habib Lutfi langsung memuliakannya layaknya tamu istimewa. Bahkan Habib Lutfi sempat menggandeng beliau bersama dengan Presiden Jokowi yang saat itu juga turut datang.
Momentum itupun sempat diabadikan oleh sejumlah umat islam yang hadir di acara tersebut. "Allah memberi jalan yang mulus kepada Habib Ja'far,"tutur ulama kharismatik asal Semarang, Habib Umar Al Munthohar.
Pengasuh Pondok Pesantren Al-Madinah, Gunungpati, Semarang ini pun mengingatkan kepada masyarakat yang ingin bertakziah agar mematuhi protokol kesehatan. "Namun jika tidak bisa datang, tidak usah dipaksakan. Cukup doakan dari rumah," pesan Habib Umar.
Diperoleh informasi, jenazah Habib Jafar pada Sabtu (2/1/2021) pagi dibawa ke Kudus, Jawa Tengah untuk dimakamkan. Rencananya, almarhum dimakamkan di Pemakamam Ploso Kudus, di samping ayah dan kakeknya.***