Hasil pemilihan ternyata orang dari wilayah Pekunden yang terpilih menjadi Lurah Desa pertama sehingga Desa ini diberi nama Pekunden.
Pendiri Desa yakni Kyai Sarageni dan Nyai Beber akhirnya menghembuskan nafas terakhirnya dan mereka dimakamkan sesuai dengan daerah yang menjadi miliknya yakni Kyai Sarageni di wilayah Pedukuhan Pekunden dan Nyai Beber di wilayah Pedukuhan Kalisetra.
Sampai saat ini kedua peristirahatan atau Makam tersebut masih di Ziarahi dan dirawat dengan baik oleh masing-masing Pedukuhan. Demikian dalam perjalanannya lebih terkenal dengan Desa Pekunden dan kedua wilayah tidak lagi merasakan adanya perbedaan asal.
Untuk menghormati para pendiri Desa maka pembagian Pedukuhan masih menganut Pedukuhan Pekunden dan Kalisetra, demikian pula untuk pembagian wilayah RW juga masih menganut Pedukuhan yakni RW I Pedukuhan Pekunden, dan RW II Pedukuhan Kalisetra, di Pekunden hanya ada 2 RW dan 8 RT.***