Dengan keluasan ilmunya itu, Habib Ja'far kemudian mendapat julukan 'Al Qur'an Berjalan' oleh gurunya Habib Muhammad Bin Ahmad Al Muhdhor.
Baca Juga: Ini Dia 7 Amalan Ringan Berpahala Besar
Semasa hidupnya, Habib Ja'far menghabiskan waktunya untuk berdakwah dan beribadah kepada Allah SWT. Hingga akhirnya maut menjemputnya pada hari Senin, Tanggal 12 Jumadhil Akhir 1374 Hijriyah di usianya yang ke 76 tahun.
Ribuan umat muslim di tanah air pun merasa kehilangan atas berpulangnya Habib Ja'far Bin Syaikhon Assegaf ke hadirat Allah SWT.
Dengan tangis kesedihan, ribuan umat muslim lalu mengantarkan jenazah ulama kharismatik itu ke pemakamannya di samping Masjid Jami Pasuruhan.
Meski sudah 69 tahun berpulang ke rahmatullah, namun di hati pecintanya, Habib Ja'far seolah masih ada untuk terus membimbing umat hingga sekarang ini.***