- R. Soempeno Danoewilogo (17 Agustus 1945 – 15 Maret 1945)
Beliau lahir di Temanggung pada 17 Maret 1894. Pada masa jabatannya banyak peristiwa yang sangat menentukan perjalan Kota Besar Pekalongan sebagai bagian yang tidak terpisahkan dari Negara Republik Indonesia.
- Agoes Miftah Danoekoesoemo (1 Juni 1954 – 1 Nopember 1956)
Beliau dilahirkan di Brebes pada 30 Agustus 1915. Menjabat Walikota/Kepala Daerah Kota Pekalongan berdasarkan Surat Keputusan Menteri Dalam Negeri tanggal 20 Mei 1945 Nomor: UP-11/1/22.
Periode pemerintahan beliau merupakan masa revolusi kemerdekaan, sehingga kondisi di Pekalongan terpengaruh oleh peperangan, antara lain konfrontasi dengan Agresi Belanda I dan II.
- M. Soehartono Slamet Poespopranoto (1 Nopember 1956 – 19 Nopember 1957)
Lahir tanggal 29 Agustus 1905 dan diangkat menjadi Walikota/Kepala Daerah Kota Besar Pekalongan dengan surat Keputusan Menteri Dalam Negeri tanggal 30 Oktober 1956 Nomor : UP-14 /2/7.
Pada waktu menjabat sebagai walikota, penyelenggaraan pemerintahan menganut asas dekonsentrasi dan asas desentralisasi. Pemberlakuan dua asa ini merupakan konsekuensi dari diberlakukannya Undang Undang Nomer 1 Tahun 1957 tentang Pokok Pemerintahan di Daerah.
Tugas Walikota mencakup dua hal, yakni sebagai pejabat pemerintah pusat dan sekaligus sebagai kepala daerah.
- R. Iskandar Said (13 Januari 1958-17 Januari 1959)
Dilahirkan di Temanggung pada tahun 1898. Diangkat sebagai Kepala Daerah Kotapraja Pekalongan dengan Surat Keputusan Menteri Dalam Negeri tanggal 2 Januari 1957, Nomer:Des.71/1/10.
Baca Juga: Asal Usul Purworejo Jawa Tengah, Dikenal Sebagai Pelopor Dibidang Pendidikan